Importanti sono i ritrovamenti di età medioevale, tra cui una necropoli nel largo S. Francesco, con tombe simili a quelle del sepolcreto di Canne della Battaglia. Matera, aggregata dai Longobardi al ducato di Benevento, fu distrutta dai Franchi. Nell'876 venne ancora devastata dall'imperatore Lodovico II, dopo che era stata tolta ai Saraceni, i quali la rioccuparono nel 937 e nel 994, quando la distrussero completamente, sterminando e disperdendo gli abitanti.
Matera risorse all'inizio del sec. XI sotto i Bizantini; nel 1064 fu conquistato dal normanno Roberto Loffredi, la cui famiglia vi dominò fino al 1133; quindi passò sotto il diretto potere regio e alla fine del '400 Ferdinando II d'Aragona lo assegnò in feudo al conte Carlo Tramontano, ucciso dalla popolazione nel 1514. Matera appartenne poi agli Orsini fino all'eversione della feudalità, avvenuta nel 1638. Fece parte della Puglia (Terra d'Otranto) fino al 1163, anno in cui Matera fu aggregata alla provincia di Basilicata ed elevata a suo capoluogo, rimanendo tale fino al 1806, quando alla dignità di capoluogo assurse Potenza, per la sua posizione più centrale rispetto alla regione. Nel 1927 Matera fu elevata a capoluogo di provincia.